Esherichia coli izolatlarında karbapenem direcinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle saptanması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, İSTANBUL BAKIRKÖY DR. SADİ KONUK SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, TEMEL TIP BİLİMLERİ BÖLÜMÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2026
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ZÜLAL ZEYNEP YURDAKUL
Danışman: Zeynep ÇİZMECİ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Son yıllarda karbapeneme dirençli E. coli izolatları giderek artan sıklıkta bildirilmeye başlanmıştır. Özellikle OXA-48 gibi karbapenemazların baskın görüldüğü bölgelerde, karbapenemazlar izolatlarda belirgin "yüksek direnç" fenotipi oluşturmadan da bulunabildiğinden tarama stratejisinin doğru kurgulanması önem kazanmaktadır. Bu çalışmada, karbapenem tarama kriterlerini karşılayan E. coli izolatlarında karbapenemaz varlığının genotipik ve fenotipik yöntemlerle saptanması ve tanısal performanslarının değerlendirilmesi yanında tedavide kullanılabilecek antibiyotiklere duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza Ocak 2021–Haziran 2025 tarihleri arasında SBÜ Bakırköy Dr. Sadi Konuk SUAM Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilerek tanımlama ve antibiyogram duyarlılıkları VITEK® 2 Compact (bioMérieux, Marcy-l'Étoile, Fransa) otomatize sistemi ile çalışılan 138 E. coli izolatı dahil edilmiştir. Tüm izolatlara karbapenemaz saptanması için qPCR ticari kiti (Bioseksen, Türkiye) kullanılarak gerçek zamanlı multipleks PZR, fenotipik yöntemlerden mCIM, rCDM ve kombinasyon disk testleri (Liofilchem S.r.l., İtalya) uygulanmıştır. PZR altın standart kabul edilerek fenotipik testlerin duyarlılık ve özgüllükleri hesaplanmıştır. Testler arasındaki uyumun analizinde Cohen's Kappa, farklılıkların analizinde McNemar testi ayrıca çalışmadaki kategorik değişkenler arasındaki farkların istatistiksel analizinde Ki-kare testi uygulanmıştır. Seftazidim-avibaktam ve fosfomisin duyarlılıkları disk difüzyon yöntemiyle; tigesiklin duyarlılığı gradyent test ile, kolistin duyarlılığı ise disk elüsyon testi ile çalışılarak duyarlılık oranları yüzdesel olarak hesaplanmıştır. Bulgular: E. coli izolatının 104'ünde (%75,4) PZR ile en az bir karbapenemaz geni saptanmıştır. Karbapenemaz pozitif izolatlar arasında en sık OXA-48 genotipi (78, %75) saptanırken, 17'inde (%16,3) NDM, 7'inde (%6,7) OXA-48 + NDM birlikteliği, birer izolatta ise (%1) KPC ve KPC+NDM birlikteliği saptanmıştır. PZR esas alındığında, mCIM duyarlılığı %99, özgüllüğü %100 ve rCDM'nin ise duyarlılığı %93,3, özgüllüğü %100 bulunmuştur. mCIM ve rCDM testinin arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark olmadığı, biribirleri arasında ve altın standart yöntem PZR ile "mükemmel uyum" gösterdiği saptanmıştır. KDT'nin ise duyarlılığı %98,7 ve özgüllüğü %94,1 bulunmuştur. Karbapenemaz pozitif E. coli'ler kolistine %100, tigesikline %85,6, fosfomisine %96,1, seftazidim-avibaktama ise %100 duyarlılık saptanmıştır. Sonuç: Çalışmamızda E.coli izolatlarında OXA-48 geninin baskın olduğu ve OXA-48'in tespitinde ertapenemin meropeneme kıyasla daha duyarlı bir gösterge olduğu gösterilmiştir. NDM ve ikili gen pozifliği yüksek oranları dikkat çekicidir. Fenotipik karbapenemaz tespit yöntemleri arasında en yüksek tanısal performansı mCIM göstermiştir. rCDM'nin ise duyarlılığı mCIM'e kıyasla daha düşük bulunmasına rağmen, karbapenemaz tespitinde birbirlerinin yerine güvenle kullanılabilecek ve doğrulayıcı test olarak tercih edilebilecek yöntemler oldukları gösterilmiştir. KDT'nin özellikle ikili gen pozitifliklerinde tanısal hataları minimalize etmek için genotipik doğrulama ile desteklenmesi gerekebilmektedir. Moleküler testler referans alınarak elde edilen bu bulgular, özellikle kaynakları sınırlı olan laboratuvarda mCIM, rCDM, KDT gibi uygulanabilecek fenotipik yöntemlerin karbapenemazların hızlı, doğru ve güvenilir saptanabilmesi için belirlenecek stratejilere yol gösterici olacaktır.