OXA-48-benzeri karbapenemaz üreten enterobacterales izolatlarında OXA-48 varyantlarının araştırılması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, İSTANBUL ŞİŞLİ HAMİDİYE ETFAL SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ŞEVVAL ARDUÇ TOK
Danışman: Elif AKTAŞ SEPETCİ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Karbapeneme dirençli Enterobacterales (CRE), sınırlı tedavi seçenekleri ve yüksek mortalite nedeniyle kritik öncelikli patojenler olarak kabul edilmektedir. Türkiye, CRE ve OXA-48 benzeri karbapenemazlar için endemik bölgeler arasında yer almaktadır. OXA-48 benzeri karbapenemazlar farklı fenotipik özellikleri ve direnç profilleri nedeniyle klinik laboratuvarlarda önemli tanısal zorluklar yaratmaktadır. OXA-48 benzeri karbapenemazlar, küçük amino asit değişiklikleri ile birbirinden farklılık gösteren, şu ana kadar tanımlanmış 60'dan fazla varyant içermektedir. Bu çalışmanın amacı, CRE izolatlarında OXA-48 benzeri karbapenemaz genlerinin oranını, OXA-48 varyantlarının dağılımını, varyantların diğer antibiyotiklere ve karbapenemlere duyarlılık profilleri ve karbapenem MİK düzeyleri arasındaki farkları araştırmaktır. Ayrıca varyantlara göre tek ya da ikili karbapenemaz üretimi ve fenotipik karbapenemaz tespit yöntemlerin duyarlılığının değerlendirilmesi hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Ocak 2019-Aralık 2023 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden elde edilen 703 CRE izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. İzolatlar VITEK® MS sistemi (BioMerieux, Fransa) ile tanımlanmıştır. Antibiyotik duyarlılıkları VITEK® 2 COMPACT (BioMerieux, Fransa) ile belirlenmiştir. Karbapenem direnci, ertapenem, imipenem ve meropenemden en az birine dirençli izolatlarda Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle (Oxoid, Thermo Fisher Scientific, Kanada) doğrulanmış ve EUCAST kriterlerine göre değerlendirilmiştir. Karbapenemaz genleri, Biospeedy Karbapenem Direnci qPCR kiti (Bioeksen, Türkiye) kullanılarak belirlenmiştir. OXA-48 benzeri karbapenemaz varyantlarının tespiti için dizi analizi gerçekleştirilmiştir. OXA-48 benzeri karbapenemaz varyantlarına Karba NP direkt test ve mCIM yapılmıştır. Varyantlarda imipenem ve meropenem MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. Bulgular: Çalışmamızda, CRE izolatlarının %52,3'ünde OXA-48 benzeri karbapenemaz tespit edilmiştir. İzolatların %17,2'sinde NDM ve %12'sinde KPC karbapenemaz geni saptanmıştır. K. pneumoniae, OXA-48 benzeri pozitif izolatların %80,7'sini oluşturan baskın tür olmuştur. OXA-48 benzeri karbapenemazların %11,7'si diğer karbapenemaz genleri ile birliktelik göstermektedir. Çalışmamızda tespit edilen OXA-48 varyantları; OXA-48/245 (%39,1), OXA-232 (%36,4), OXA-181 (%17,6), OXA-244 (%5,1), OXA-162 (%1,3) ve OXA-1200 (%0,2) olmuştur. K. pneumoniae izolatlarında en sık OXA-48/245 ve OXA-232, E. coli izolatlarında ise OXA-232 tespit edilmiştir. Diğer karbapenemaz genleri ile en sık birliktelik gösteren varyant OXA-48/245 olmuştur (p=0,015). Karba NP direkt test negatif grupta en yaygın varyant OXA-244 olmuştur. OXA-48 benzeri karbapenemaz üreten izolatların meropenem ve imipeneme duyarlılık oranları sırasıyla %31 ve %39,1 olarak saptanmıştır. OXA-181, OXA-232 ve OXA-48/245 varyantlarının meropenem ve imipenem MİK50 değerleri OXA-244 varyantına göre yüksek bulunmuştur E. coli izolatlarında OXA-232 varyantında diğer varyantlara göre meropenem MİK50 değeri anlamlı yüksek saptanmıştır (p=0,003). K. pneumoniae izolatlarında varyantlara göre karbapenem MİK50 değerlerinde anlamlı fark saptanmazken, OXA-48/245, OXA-232 ve OXA-181'de meropenem direnç oranları diğer varyantlara göre yüksek saptanmıştır (p=0,031). İkili karbapenemaz üreticilerinde imipenem ve meropenem MİK50 değerleri tekli karbapenemaz üreticilerine göre yüksek saptanmıştır. Sonuç: Bu çalışmada, OXA-48 benzeri karbapenemazların farklı varyantlarının dağılımı, fenotipik özellikleri ve antimikrobiyal direnç profilleri kapsamlı bir şekilde ele alınmıştır. Bulgular, karbapenemaz varyantlarının direnç profilleri ve MİK değerleri üzerinde belirgin farklılıklar yaratabileceğini ve fenotipik testlerin duyarlılığının varyantlar arasında değişebileceğini göstermektedir. OXA-48 benzeri karbapenemaz varyantlarının bölgesel dağılımının ve bunların direnç profilleri ile ilişkisinin aydınlatılması, bu dirençli patojenlerin yayılmasını azaltmak için hedeflenen önleme stratejileri, gelişmiş tanı yaklaşımları ve etkili antimikrobiyal yönetim için önemlidir.