Üriner sistem enfeksiyonları tanısında akım sitometri ve multipleks PCR yöntemlerinin idrar kültürü ile karşılaştırılması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, ANKARA ŞEHİR SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, TEMEL TIP BİLİMLERİ BÖLÜMÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ESRA AYATA
Danışman: Bedia DİNÇ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Bu çalışmanın amacı, üriner sistem enfeksiyonu (ÜSE) tanısında hızlı tarama yöntemi olarak kullanılan otomatize akım sitometrisi (Sysmex UF-5000) ve multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)'nın tanısal performansını, altın standart olan idrar kültürü ile karşılaştırarak değerlendirmektir. Bu kapsamda Sysmex UF- 5000'in optimal eşik (cut-off) değerlerini belirlemek, multipleks PCR'ın etken saptama ve antibiyotik direnç genlerini tespit etmedeki duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif öngörü değerlerini hesaplamak ve her iki yeni yöntemin ÜSE tanı algoritmasına entegrasyonu için bilimsel veri sağlamak hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Tek merkezli, laboratuvar araştırması olarak tasarlanan bu çalışmaya, Mart-Nisan 2024 tarihleri arasında Ankara Bilkent Şehir Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen 784 idrar örneği dahil edildi. Tüm örnekler önce Sysmex UF-5000 cihazı ile taranmış, ardından otomatize sistemde (WASP) kültürü yapıldı. Kültürde üreyen izolatların tanımlaması MALDI-TOF MS (VITEK MS) ile, antibiyotik duyarlılık testleri ise VITEK 2 Compact ile yapıldı. Sysmex UF- 5000 ölçümünde belirli eşik değerleri (WBC>50/μL, Gram-negatif >205/μL, Gram- pozitif >3300/μL, maya benzeri hücre >226/μL) aşan 109 örnekte, kültür ile eş zamanlı olarak ticari bir multipleks qPCR paneli kullanılarak patojen ve antibiyotik direnç genleri araştırıldı. İstatistiksel analizlerde SPSS 27.0 programı kullanıldı; tanısal performans parametreleri, ROC eğrisi analizi ve ki-kare testleri uygulandı. Bulgular: Çalışmaya alınan 784 hastanın %61,9'u kadın, ortanca yaş 47 idi. Kültürde 97 (%12,4) örnekte üreme tespit edildi. En sık izole edilen etkenler %51,5 ile Escherichia coli, %16,5 ile Klebsiella pneumoniae ve %10,3 ile Streptococcus agalactiae idi. Multipleks PCR çalışılan 109 örneğin 91'inde (%83,5) en az bir patojen saptandı; en sık E. coli (%50,5), K. pneumoniae (%20,9) ve kültürde rutin üremeyen Ureaplasma parvum (%17,6) tespit edildi. PCR'ın kültüre göre tüm etkenler için duyarlılığı %97,5, özgüllüğü %55,2, pozitif öngörü değeri (PPD) %85,7 ve negatif öngörü değeri (NPD) %88,4 olarak tespit edildi. E. coli ve K. pneumoniae için PCR duyarlılığı sırasıyla %94,4 ve %100 idi. PCR ile en sık saptanan direnç genleri SUL (%35,8), CTX-M (%27,4) ve QNR (%17,9) idi. SUL geninin fenotipik trimetoprim- sülfametoksazol direncini öngörmedeki duyarlılığı %94,1, özgüllüğü %77,4 iken; CTX-M geni için bu değerler sırasıyla %59,3 ve %88,0 idi. Sysmex UF-5000 ROC analizi sonuçlarına göre, kültür pozitifliğini öngörmede en iyi kesim noktaları bakteri sayısı (BACT) için 668,95/μL ve lökosit sayısı (WBC) için 30,2/μL olarak belirlendi. Bu değerlerde duyarlılık ve özgüllük yaklaşık %75 seviyesindeydi. Kültür negatifliğini dışlamak amacıyla BACT ≤463/μL ve WBC ≤18,3/μL eşikleri belirlendi ve bu eşiklerin altındaki örneklerde NPD %95,8 olarak hesaplandı. Gram-negatif etkenler için BACT eşiği 1091,0/μL, Gram-pozitifler için ise 397,7/μL olarak saptandı. Maya tespiti için maya benzeri hücre (YLC) parametresinin eşik değeri 125,3/μL olup duyarlılık ve özgüllük %80 idi. Sonuç: Çalışmamızın bulguları, Sysmex UF-5000 akım sitometri sisteminin, belirlenen uygun eşik değerleri ile laboratuvar iş akışını optimize edebilecek, negatif örnekleri hızla eleyerek gereksiz kültür iş yükünü ve maliyeti azaltabilecek yüksek bir negatif öngörü değerine sahip olduğunu göstermiştir. Multipleks PCR yöntemi ise çok yüksek duyarlılıkla, kültürde üremesi zor veya özel besiyeri gerektiren patojenleri (Ureaplasma spp. gibi) ve antibiyotik direnç genlerini hızla tespit edebilmiştir. Ancak PCR'ın özgüllüğünün nispeten düşük olması, kültürü tamamlayıcı bir yöntem olarak değerlendirilmesi gerektiğine işaret etmektedir. Her iki yöntem de idrar kültürünün yerini almak yerine, onu tamamlayıcı ve tanı sürecini hızlandırıcı rol oynayabilir. Özellikle komplike, tekrarlayan veya hızlı ilerleyen ÜSE şüphesi olan olgularda, akım sitometri ile hızlı tarama ve negatif dışlama, ardından multipleks PCR ile hızlı patojen/direnç geni tespiti yapılması, ardından kültür ve ADT ile doğrulamanın yapıldığı entegre bir tanı algoritması optimal bir yaklaşım olarak önerilebilir.