Hasta örneklerinde medulloblastom alt gruplarının gen ekspresyon paternlerinin qPCR ile belirlenmesi ve sonuçların metilasyon analizi ile karşılaştırılması

---

Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, İSTANBUL BAŞAKŞEHİR ÇAM VE SAKURA ŞEHİR SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, CERRAHİ TIP BİLİMLERİ BÖLÜMÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2025

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: AYŞE HÜMEYRA DUR KARASAYAR

Danışman: Fatmagül KUŞKU ÇABUK

Özet:

Amaç: Medulloblastom, çocukluk çağının en sık görülen primer malign beyin tümörüdür ve günümüzde moleküler alt tip sınıflandırması tanı ve tedavi planlamasının ayrılmaz bir parçasıdır. Ancak moleküler sınıflamada altın standart yöntem olan DNA metilasyon analizi, yüksek maliyeti ve sınırlı erişilebilirliği nedeniyle gelişmekte olan ülkelerde rutin kullanıma uygun değildir. Bu çalışma, küçük gen panellerine dayalı qRT-PCR analizinin, medulloblastom alt gruplarının belirlenmesinde hızlı, düşük maliyetli ve klinik olarak uygulanabilir bir alternatif olup olmadığını araştırmayı amaçlamıştır. Gereç ve Yöntem: Başakşehir Çam ve Sakura Şehir Hastanesi Patoloji Laboratuvarı arşivinden seçilen 24 medulloblastom olgusuna ait FFPE doku örneklerinden RNA izole edilmiştir. 9 genin ekspresyon düzeyleri qRT-PCR ile analiz edilmiştir. Elde edilen veriler hiyerarşik kümeleme, RadViz ve t-SNE yöntemleriyle değerlendirilmiştir. Denetimli sınıflandırma modelleri olarak Random Forest, Decision Tree ve SVM algoritmaları kullanılmış, model doğrulaması LOOCV yöntemiyle yapılmıştır. 4 adet örneğin alt grubu metilasyon analizi ile doğrulanmıştır. Bulgular: Denetimsiz analizler, olguların büyük oranda kendi moleküler alt grupları içinde kümelendiğini göstermiştir. Random Forest modeli, dört alt grubun ayrımında (AUC=0,935; CA=0,875) ve Grup 3–Grup 4 ayrımında (AUC=0,977; CA=0,920) en yüksek doğruluğu sağlamıştır. Sonuç: Bu çalışma, FFPE dokulardan elde edilen RNA ile qRT-PCR tabanlı küçük gen panellerinin, medulloblastom alt gruplarını yüksek doğrulukla sınıflandırabileceğini göstermektedir. Metilasyon analizine erişimin kısıtlı olduğu merkezlerde uygulanabilecek pratik ve düşük maliyetli bir alternatif sunmaktadır.