Sepsis ön tanılı hastalarda tam kandan multipleks real time PCR ile hızlı etken tayininin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, ANKARA SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, TEMEL TIP BİLİMLERİ BÖLÜMÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2020
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: GİZEM ERDOĞAN
Danışman: Ayşe Esra KARAKOÇ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Bu çalışmada sepsis ön tanılı yoğun bakım ünitesi hastalarında sepsise yol açan etkeni erken saptayabilmek ve etkene yönelik tedaviye erken başlanmasını sağlayabilmek için tam kandan direkt multipleks real time (RT) PCR yöntemi ile etken tayininin konvansiyonel yöntemler ile kıyaslaması yapılarak erken tanı koyma sürecine olan katkısının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışma Kasım 2019- Ağustos 2020 tarihleri arasında Ankara Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi, Anesteziyoloji ve Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesi (ARYBÜ) ve Tıbbi Mikrobiyoloji Bölümü'nde prospektif olarak gerçekleştirildi. Sepsis ön tanısı ile yatan 90 hasta çalışmaya dahil edildi. Sepsis tanı kriterlerine uyan hastalardan tam kan (mor kapaklı tüp-Vacusera K2EDTA (Disera, Türkiye)) ve en az iki set (ayrı venlerden) olacak şekilde aerob kan kültürü şişelerine asepsi şartlarına uyularak örnekler alındı. BACT/ALERT 3D (bioMerieux, Fransa) cihazına yüklenen kan kültür şişeleri pozitif/negatif sinyal verdikten sonra sepsis patojenleri panel kiti v1 (Anatolia, Türkiye) ile multipleks RT PCR ve konvansiyonel yöntemlerle çalışıldı. Kan kültürü şişelerinden ve tam kandan çalışılan multipleks RT PCR yöntemleri ile konvansiyonel yöntemlerin etken tanımlama ve raporlama süreleri istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 90 hastanın 41'i (%46) kadın, 49'u (%54) erkek ve yaş ortalaması 66,38 idi. Hastalardan 90 tam kan örneği ve 280 kan kültürü şişesi alındı. Hastaların 48'inde (%53) kaynağı belli olmayan sepsis ve 28'inde (%31) altta yatan en sık enfeksiyon kaynağının pnömoni olduğu saptandı. Sepsis ön tanılı hastalardan kan örneği alımı esnasında 73 hastanın (%81) antibiyotik tedavisi altında olduğu tespit edildi. Cilt flora bakterilerinin etken-kontaminant ayrımında KLİMUD Kan Dolaşımı Örnekleri Rehberi'ne göre değerlendirme yapıldı. Kan kültürü, sepsis etkenlerini saptamada altın standart yöntem olduğu için RT PCR yönteminin değerlendirilmesi kan kültürü referans alınarak yapıldı. Kan kültürü şişelerinden çalışılan RT PCR yönteminin duyarlılığı %89,58; özgüllüğü % 57,14; pozitif prediktif değeri % 70,49; negatif prediktif değeri %82,76 ve doğruluğu %74.44 bulundu (p=0,019). Kan kültürü RT PCR yönteminin etken bazında duyarlılıkları % 66,7 -100 ve özgüllükleri % 80,9– 100 arasında bulundu. Tam kan pcr yönteminin duyarlılığı %11,67; özgüllüğü %96,67; pozitif prediktif değeri % 87,50; negatif prediktif değeri % 35,37 ve doğruluğu % 40 bulundu (p=1,684). Çalışmada p değerinin <0,05 olması istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Çalışmada kan kültürü sonucunun raporlanma süresi ortalama 116:50:00 saat, kan kültürü-PCR sonucunun raporlanma süresi ortalama 80:57:00 saat ve tam kan- PCR sonucunun raporlanma süresi ortalama 15:38:00 saat olarak tespit edildi (p değeri <0,001). Sonuç: Sepsiste etkenin kanda saptanması tanı koydurucu olduğu için mikrobiyoji laboratuvarına büyük sorumluluk düşmektedir. Çalışmamızda tam kandan çalışılan sepsis patojenleri panel kiti v1 (Anatolia, Türkiye)'nin etkenleri saptamada duyarlılığının düşük olduğu görüldü. Sepsis kiti (Anatolia, Türkiye)'nin kan kültür şişelerinden çalışılmasıyla elde edilen sonuçlar konvansiyonel yöntemlerle kıyaslandığında geçerli ve üstün bulunmakla birlikte, direkt tam kandan kullanımında iyileştirilmesine ihtiyaç olduğu tespit edildi. Tam kan PCR yönteminin raporlama süresini konvansiyonel yöntemlere kıyasla ortalama 101:12 (yaklaşık 4 gün) saat; kan kültürü PCR yönteminin ise ortalama 35:53 (1,5 gün) saat kısalttığı tespit edildi. Tam kan-PCR yönteminin raporlama süresi en hızlı yöntem olmasına rağmen etkeni belirlemede aynı performansı gösteremediği görüldü. Sepsis düşünülen hastaların kan örneği alımı sırasında antibiyotik kullanım oranlarının oldukça yüksek olduğu (%81) tespit edildi. Çalışmamızda, kan kültür şişelerinden çalışılan RT PCR yöntemi ile konvansiyonel yöntemlere göre, etkenin daha erken saptanması sağlandı. Sepsis kiti (Anatolia, Türkiye)'nin kullanılmasıyla kan kültürünün negatif sonuçlandığı 16 hastada etkenlere ait amplifkasyon eğrileri saptandı. Bunun hastalarda yüksek antibiyotik kullanım oranlarına (%81) bağlı olabileceği düşünüldü. Kan kültüründe saptanıp, PCR'da saptanamayan türler yönünden ise sepsis patojenleri panel kitinin mikroorganizma içeriğinin zenginleştirilmesine ihtiyaç olduğu düşünüldü.