İdrar kültürlerinden izole edilen escherichia coli izolatlarında tolerans varlığının incelenmesi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, İSTANBUL ŞİŞLİ HAMİDİYE ETFAL SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, TEMEL TIP BİLİMLERİ BÖLÜMÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ECEM BÜYÜKYANBOLU
Danışman: Elif AKTAŞ SEPETCİ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Antibiyotik direncinin gittikçe daha önemli bir sorun haline geldiği günümüzde, antimikrobiyallerin etkinliğini sınırlayan tolerans kavramı da önem kazanmıştır. Tolerans, bakterilerin geçici bir süre yüksek konsantrasyonda bakterisidal antibiyotiğe maruziyeti sonrasında, o antibiyotiğe karşı minimum inhibitör konsantrasyonunda (MİK) bir değişiklik olmaksızın hayatta kalma yeteneği olarak tanımlanır. Araştırmamızda, idrar kültürlerinden elde edilen ertapenem duyarlı E. coli izolatlarında antibiyotik toleransı varlığının tespiti amaçlanmıştır. Ayrıca toleran olan ve toleran olmayan izolatlar arasında ertapenem MİK değerleri, diğer antibiyotiklere direnç oranları, hasta yaş grupları arasında tolerans varlığının dağılımı, çalışmaya dahil edilen hastaların demografik özellikleri ve relaps/rekürrens varlığı karşılaştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu araştırma tek merkezli prospektif bir çalışma olarak tasarlanmıştır. Sağlık Bilimleri Üniversitesi Şişli Hamidiye Etfal Eğitim Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Ağustos 2021-Mayıs 2022 tarihleri arasında idrar örneklerinden izole edilen ve saklanan, ertapenem duyarlı genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreticisi 350 E. coli izolatı değerlendirmeye alınmıştır. Rutin tanımlama işlemleri, matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı (MALDI-TOF) teknolojisini kullanan VITEK® MS (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Fransa) ile gerçekleştirilmiştir. İzolatların antimikrobiyal duyarlılıkları, tam otomatize VITEK® 2 Compact (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Fransa) sistemi veya Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Ertapenem MİK saptanması için E-test (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Fransa) uygulanmıştır. Duyarlılık testleri, Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Test Komitesi (EUCAST) kriterlerine göre değerlendirilmiştir. Tolerans tayini için tolerans disk testi (TD test) yöntemi uygulanmıştır. Temsili seçilen altı izolat zamana bağlı öldürme yöntemi ile değerlendirilmiştir. Çalışmaya dahil edilen hastaların, örnek gönderim tarihinin bir yıl öncesi ve sonrasında aynı bakteri ile enfekte olup olmadığına bakılarak relaps/rekürrens varlığı hastane bilgi yönetim sistemi verilerinden alınmıştır. Toleran olan ve toleran olmayan izolatların ertapenem MİK değerleri, diğer antibiyotiklere direnç oranları, hastalardaki relaps/rekürrens oranları, hasta yaş grupları arasında tolerans varlığının dağılımı, hastalara ait demografik veriler istatistiksel olarak karşılaştırılmıştır. Tanımlayıcı istatistikler; kategorik değişkenler için sayı ve yüzde, sayısal değişken için ortalama, standart sapma, minimum, maksimum, median olarak verilmiştir. Bağımsız iki grup karşılaştırması Mann Whitney U testi ile yapılmıştır. Gruplarda oranlar ki kare testi ile karşılaştırılmış, alfa anlamlılık seviyesi p˂0,05 olarak kabul edilmiştir. Bulgular: Ertapeneme duyarlı 350 E. coli izolatından 57'si (%16,2) TD testi ile toleran olarak değerlendirilmiştir. Tüm izolatlarda duyarlılık test sonuçlarına göre saptanan direnç oranları; amikasine %6,3, amoksisilin-klavulonata %72, ampisiline %99,1, ampisilin-sulbaktama %63, sefepime %40,3, sefiksime %96,2, seftazidime %79,8, seftriaksona %87,4, sefuroksime %98,3, siprofloksasine %64, fosfomisine %17, gentamisine %24, nitrofurantoine %5, piperasilin-tazobaktama %27,9, trimetoprim-sulfametoksazole %51,6 olarak tespit edilmiştir. İzolatlarda imipenem, meropenem ve kolistine direnç saptanmamıştır. TD testi sonucu toleran saptanan izolatların MİK50/MİK90 değeri 0,032/0,125, toleran saptanmayan izolatların MİK50/MİK90 değeri 0,016/0,094 olarak bulunmuştur. Toleran izolatların toleran olmayan izolatlara kıyasla ertapenem MİK değerleri ortalaması (p=0,004) ile sefepim (p=0,024) ve seftazidime (p=0,047) direnç oranları istatistiksel olarak anlamlı düzeyde yüksek bulunmuştur. Zamana bağlı öldürme yöntemi ile değerlendirilen izolatların sonuçları TD test sonuçları ile uyumlu bulunmuştur. Toleran ve toleran olmayan izolatlar ile enfekte olan hastalar arasında cinsiyet, örneğin gönderildiği birim, relaps/rekürrens varlığı açısından istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmamıştır. Sonuç: Bu çalışmada, idrar kültürlerinden izole edilen E. coli izolatlarında önemli oranda tolerans varlığı tespit edilmiştir. Toleran olan izolatlarda diğer antibiyotiklere direnç oranlarının ve ertapenem MİK değerlerinin daha yüksek bulunması, toleransın direnç gelişimi için önemli bir faktör olabileceğini düşündürmektedir. E. coli'de karbapenem direnci henüz yüksek olmamakla birlikte, toleran izolatların varlığı direncin yakından izlenmesi gerektiğine işaret etmektedir. Toleran izolatlar ile oluşan enfeksiyonlarda tedavi başarısı ve relaps oranlarının incelenmesi ve tedavi başarısızlığının altında yatan mekanizmaların anlaşılması, terapötik yaklaşımların optimize edilmesi açısından faydalı olacaktır. Bildiğimiz kadarıyla bu çalışma, Türkiye'den E. coli izolatlarında tolerans varlığını ve oranını belirleyen ilk çalışmadır, ancak toleransın yaygınlığını ve tedavi üzerindeki etkisini daha iyi anlamak için farklı coğrafi bölgeleri ve daha büyük kohortları içeren çok merkezli çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar kelimeler: E. coli, tolerans, ertapenem, TD test, üriner sistem enfeksiyonu, relaps/rekürrens