Üriner sistem enfeksiyonlarının hızlı tanısında idrar örneğinin matriks aracılı lazer desorpsiyon iyonizasyon -uçuş zamanlı- kütle spektrometresi (maldi-tof MS) ile incelenmesi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, İSTANBUL ŞİŞLİ HAMİDİYE ETFAL SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, KLİNİK MİKROBİYOLOJİ VE ENFEKSİYON HASTALIKLARI ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2017
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ÜMMÜHAN SU TOPALCA
Danışman: Elif AKTAŞ SEPETCİ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Üriner sistem enfeksiyonlarının (ÜSE), önemli oranda morbidite, mortalite ve maliyet ile ilişkili olduğu gözönüne alındığında, laboratuvar tarafından hızlı ve anlamlı sonuçların elde edilmesi, uygun tedaviye erken başlanması ve gereksiz antibiyotik kullanımının önlenmesi için kritik önem taşımaktadır. ÜSE tanısında altın standart olan kültür sonuçlarının raporlanması iki-üç gün sürmektedir. Matriks Aracılı Lazer Desorpsiyon İyonizasyon –Uçuş Zamanlı –Kütle Spektrometresi (MALDİ-TOF MS) mikroorganizmaların kendilerine özgü proteomik parmak izi pik kalıplarına dayanarak tanımlama yapmakta ve dakikalar içinde sonuç vermektedir. Bu çalışmada amaç, üriner sistem enfeksiyonlarının hızlı tanısı için MALDİ-TOF MS ile direkt idrar örneğinden etken mikroorganizmanın saptanmasını sağlayacak bir yöntem optimize etmek ve optimize edilen yöntemin idrar örneklerinde Gram boyama ile birlikte kullanımının etkinliğini değerlendirmektir. Ayrıca, idrar örneğindeki lökosit yoğunluğu ve bakteri sayısının MALDI-TOF MS ile tanımlamaya etkisi değerlendirilecektir. Bu çalışmada, T.C. Sağlık Bilimleri Üniversitesi Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarına Nisan 2016-Aralık 2016 tarihleri arasında rutin kültür için gönderilen 600 idrar örneği prospektif olarak incelenmiştir. Çalışma, iki aşamalı olarak tasarlanmıştır. Birinci aşamada kültürde ≥105 CFU/ml saf üreme gözlenen ve +40C'de saklanmış olan 500 idrar örneği kullanılmış ve literatürde tanımlanmış yöntemlerden yola çıkılarak MALDİ-TOF MS ile direkt idrar örneğinden etken mikroorganizmanın saptanması için bir yöntem optimizasyon çalışması yapılmıştır. Yöntem optimizasyonu için 3 ml idrar örneğinin çeşitli santrifüj basamakları ve %0.1 sodyum dodezil sülfat (SDS) ile muamelesi sonrası ektraksiyon yapılmadan MALDI-TOF MS ile test edilmesi prensibine dayanan bir protokol esas alınmıştır. Bu aşamada, kullanılan idrar miktarı (1.5, 3 ve 5 ml), SDS konsantrasyonu (%0.1 ve %1), deterjan etkili madde (SDS ve Tween-80), MALDI-TOF MS ile değerlendirme öncesi ekstraksiyon işlemi (ekstraksiyon yapılmadan, formik asit ekstraksiyonu ve etanol-formik asit ekstraksiyonu ile) ve çalışma öncesinde idrar örneğinin inkübe edilmesinin sonuca etkisi araştırılmıştır.İkinci aşamada Gram boyama sonucunda tek morfolojide mikroorganizma görülen 100 idrar örneği kullanılmış ve idrar örnekleri kültürle eş zamanlı olarak ilk basamakta optimize edilen yöntem kullanılarak MALDİ-TOF MS ile test edilmiştir. Ayrıca, çalışmanın her bir basamağındaki değişkenler için, MALDI-TOF MS kullanılarak kültürle uyumlu mikroorganizma tanımlanması ile lökosit yoğunluğu ve koloni sayısı arasındaki ilişkiler incelenmiştir. Birinci aşama sonucunda; MALDİ-TOF MS ile mikroorganizma tanımlama oranlarının 3 ml ve 5 ml idrar örneği ile benzer ve 1.5 ml'den daha iyi, %0.1 ve %1 SDS konsantrasyonları ile benzer, SDS ve Tween-80 için benzer, formik asit ve etanol formik asit ekstraksiyonu ile ekstraksiyon yapılmadığı durumdan daha iyi, örneğin direkt işleme alınması ile inkübasyon sonrası işleme alınması durumunda benzer olduğu görülmüştür. Üç ml idrar ve %0.1 SDS kullanılarak, örneğin inkübasyonu yapılmadan, formik asit ekstraksiyonu ile gerçekleştirilen ikinci aşamada Gram boyama ile tek tip morfolojide mikroorganizma görülen idrar örneklerinin %75'i MALDİ-TOF MS ile direkt olarak tanımlanmıştır. 1.5 ml idrar örneği kullanıldığında lökosit yoğunluğu azaldıkça, mikroorganizmaların MALDİ-TOF MS ile tanımlanma oranının arttığı, bunun dışında çalışmanın tüm basamaklarında test edilen bütün değişkenler için bol, orta, az ve nadir lökosit içeren örneklerde, tanımlanma oranlarının birbirine yakın olduğu gözlenmiştir. Çalışmanın tüm basamaklarında test edilen bütün değişkenler için idrar örneklerinde, koloni sayısı arttıkça mikroorganizmaların tanımlanma oranının da arttığı belirlenmiştir. Sonuç olarak; direkt idrar örneğinde Gram boyama ve MALDI-TOF-MS'in birlikte kullanımıyla kültürde ≥105 CFU/ml üreme olan örneklerin %75'inden fazlasında örneğin laboratuvara ulaşmasından sonraki iki saat içerisinde etken bakteri tanımlaması yapmak mümkün olmuştur. MALDI-TOF-MS'in direkt idrar örneğinden mikroorganizma tanımlanması için kullanımı ÜSE tanısına yeni bir perspektif kazandıracaktır. Anahtar Kelimeler : ÜSE, idrar, Gram boyama, MALDI-TOF-MS