COVİD 19 pandemi döneminde diğer solunum yolu patojenlerinin araştırılması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, İSTANBUL ŞİŞLİ HAMİDİYE ETFAL SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MERVE DEMİR ÇEVİK
Danışman: Banu BAYRAKTAR
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Giriş: Solunum yolu enfeksiyonları (SYE) dünya çapında morbidite ve mortalitenin en önemli nedenleri arasındadır.VirüslerÜSYE'nin yaygın patojenleridir ve birçok virüs SARS CoV-2 (Ağır akut solunum yolu yetersizliği sendromukoronavirüsü 2) gibi hem üst hem de alt solunum yollarını etkileyerek ciddi morbidite ve mortaliteye neden olabilir. ViralSYE'lerin teşhisi genellikle spesifik olmayan semptomlara ve klinik bulgulara dayanır.SARS-CoV-2'ninpandemiye neden olması ve olumsuz klinik tablolara yol açması nedeniyle diğer solunum yolu virüslerinin tespiti hem klinik hem de epidemiyolojik açıdan önem kazanmıştır. Bu çalışmada pandeminin ikinci yılında,prospektif olarak, multipleks PCR solunum paneli(MPSP) ile SARS-CoV-2 dışındaki solunum yolu viral patojenlerin saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem:Bu çalışmaya Ağustos 2021- Aralık 2021 tarihleri arasında İstanbul Sağlık Bilimleri Üniversitesi Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Acil Servisine solunum yolu semptomlarıyla ayaktan başvurmuş olan 173 erişkin hasta dahil edilmiştir. Hasta popülasyonu, hafta içi her gün saat 11.00-15.00 arasında gözlem yapılarak ateş, halsizlik, öksürük, burun tıkanıklığı /akıntısı, vücut ağrısı, kas-eklem ağrısı, tat/koku kaybı, baş ağrısı gibi semptomlardan en az 3 tanesi ile başvurmuş, rutinde kullanılan SARS-CoV-2 PCR testi negatif 5 hasta arasından 1 veya 2'sine ait nazofarengealsürüntü (NFS) örneği random seçilerek oluşturulmuştur. Örnekler toplanırken hastaların demografik bilgilerinin yanı sıra örnek toplama tarihi, kullandığı ilaçlar, aşılanma durumu, varsa komorbid durumları gibi bilgiler kaydedilmiştir. İlk olarak numuneler, üreticinin talimatlarındaki solunum yolu numuneleri prosedürüne göre RINATM-M14 Nükleik Asit İzolasyon Robotu (Bioeksen R&D Technologies, Türkiye) ile ekstrakte edilip ardından Bio-Rad CFX96 Touch RT-PCR cihazında amplifiye edilmiştir. Bulgular:Araştırmaya dahil edilen 173 hastanın 114'ünde solunum yolu paneli ile etken saptanmış olup, bu hastaların 112'sinde tek enfeksiyon etkeni, 2'sinde ise Human CoronavirusOC43 ve Human Coronavirus229E koinfeksiyonu olmak üzere toplam 116 etken tespit edilmiştir. En sık saptanan viral patojenler sırasıyla, Rhinovirus/Enterovirus, insan koronavirüsleri ve İnfluenza A olarak belirlenmiştir. Ağustos ve eylül aylarında Human Coronavirus OC43 sık saptanırken, ekim ayında Rhinovirus/Enterovirus piki oluştuğu, kasım ayından itibaren dolaşıma tekrar katılan İnfluenza A'nın ise aralık ayında en baskın mevsimsel viral etken haline geldiği saptanmıştır. Hastalarda en sık görülen semptomlar öksürük, burun akıntısı/tıkanıklığı ve halsizlik olarak dikkat çekmiştir.Üst solunum yollarında kolonize olabilen mikroorganizmalar olmaları ve kullandığımız örnek türünün NFS olması nedeniyle H. influenzae tespit edilen 9 hasta ile ve S. pneumoniae tespit edilen 12 hastanın sonucu değerlendirme dışı bırakılmıştır. Sonuç: SARS CoV-2 ile mücadelede alınan halk sağlığı tedbirleri ve viralinterferansın diğer solunum yolu virüslerinin mevsimsel dolaşım modellerini değiştirdiğini, pandeminin ilk yılında dolaşımdan silinmiş olan başta İFV olmak üzere mevsimsel viral etkenlerin alınan tedbirlerin hafifletilmesiyle pandeminin 2.yılında yeniden ortaya çıktığını göstermektedir. Solunum yolu virüsleri ve SARS CoV-2 ile enfekte hastaların semptomlarının büyük oranda benzediği gözlemlenmiştir. Solunum yolu patojenlerinin kısa sürede ve doğru tespit edilmesi ile uygun olmayan antimikrobiyal tedaviyi önlemek, zamanında antiviral tedaviye başlamak, toplumsal bulaşı en aza indirmek ve tedavi maliyetlerini azaltmak mümkün olabilmektedir. Tüm bunlar göz önüne alındığında kısa sürede yüksek duyarlılık ve özgüllük ile çok sayıda viral etkeni eş zamanlı saptayabilen, MPSP salgın döneminde kullanımının hasta yönetimi ve toplum sağlığı açısından etkin bir uygulama olabileceği düşünülmüştür