Bacteroides türlerinde antimikrobiyal duyarlılığın akım sitometri yöntemi ile hızlı tespiti
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, GÜLHANE SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, TIBBİ MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2018
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SİNEM KAYA
Danışman: Orhan BEDİR
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Anaerop bakteriler, yüksek morbidite ve mortaliteye neden olan bakterilerdir. Anaerop bakterilerin neden olduğu enfeksiyonlar çoğunlukla endojen kaynaklıdır ve miks enfeksiyonlar şeklinde seyretmektedir. Önemli enfeksiyonlara neden olan anaerop bakterilerde direnç sorunu her geçen gün artmaktadır. Artan direnç sorunu ile, bölgesel olarak bu bakterilerin duyarlılık/direnç profillerinin belirli periyotlar halinde belirlenmesi daha da önem kazanmaktadır. Anaerop bakterilerin duyarlılık test yöntemleri, uygulanması pratik olmayan, zaman alıcı yöntemlerdir ve rutin olarak uygulanamamaktadır. Ancak steril bölgelerden ve tek etken olarak izole edildiğinde, Bacteroides fragilis gibi yüksek virülansa sahip olan dirençli türlerde, ampirik tedaviye rağmen iyileşmeyen olgularda duyarlılık test yöntemlerinin uygulanması gerekmektedir. Çalışmada; Bacteroides türlerinde antimikrobiyal duyarlılığın tespit edilmesinde, akım sitometri yönteminin uygulanabilir bir yöntem olup olmadığı araştırılmıştır. Bunun için Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı'na rutin anaerop kültür isteğiyle gönderilen örneklerden izole edilen Bacteroides türleri kullanıldı. İzole edilen bakterilerin tanımlanması Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) ile yapıldı. Bakterilerin penisilin G, klindamisin, kloramfenikol, meropenem, metronidazol ve amoksisilin klavulanik asit antibiyotiklerine karşı olan antimikrobiyal duyarlılıkları referans yöntem agar dilüsyon yöntemi ile belirlendi. Çalışmada ayrıca E-Test yöntemi kullanıldı. Akım sitometri analizinde, kullanılan antibiyotiklerin EUCAST'de belirtilen klinik sınır değer konsantrasyonları kullanıldı. Bu konsantrasyondaki antibiyotiklerle muamele edilen anaerop bakterilerde canlı/ölü hücre ayrımı yapıldı. Canlı/ölü hücre ayrımı için hücre geçirgen olan thiazole orange (TO) ve hücre geçirgen olmayan propidium iodide (PI) boyası kullanıldı. Agar dilüsyon yöntemine göre duyarlı tespit edilen bakteriler 'hücre membran potansiyeli değişen hücreler', dirençli tespit edilen bakteriler ise 'hücre membran potansiyeli değişmeyen hücreler' olarak değerlendirildi. Akım sitometri uygulamalarında antibiyotiksiz hücre süspansiyonlarının, negatif kontrol grubu olarak analizi yapıldı. Membran potansiyeli değişmeyen negatif kontrol grubu istatistiksel analize dahil edildi. Bacteroides türlerinde antimikrobiyal duyarlılığa karar vermede 'Klinik Sınır Değer PI Boyanma Oranı (%)' kullanıldı. Klinik sınır değer hesaplanmasında Receiver Operating Characteristic (ROC) analizi yapıldı. Çalışmada yer alan 6 antibiyotik için ortak 'Klinik Sınır Değer PI Boyanma Oranı (%)', %95 güven aralığında, %100 duyarlılık ve %100 özgüllükte %30.86 olarak bulundu. %30,86'nın altında kalan PI boyanma oranlarına göre, bakteriler çalışmada yer alan tüm antimikrobiyallere karşı dirençli kabul edilirken, bu oranın üstünde kalan PI boyanmalarına göre duyarlı kabul edildi. Bu klinik sınır değer %95 güven aralığında, %100 duyarlılık ve %100 özgüllükte meropenem için %26,7, amoksisilin-klavulanik asit için %35,55, klindamisin için %30,24, çalışmada kullanılan bakterisidal etki gösteren tüm antimikrobiyaller için %31,80, bakteriostatik etki gösteren tüm antimikrobiyaller için ise %25,71 olarak bulundu. Her iki yöntem ile elde edilen sonuçlar arasında kategorik uyum değerlendirmesi yapıldı. Akım sitometri yöntemi ile yapılan duyarlılık çalışmasında 'çok büyük hata' ve 'büyük hata' tespit edilmedi. İzolat sayısının sınırlı olması, duyarlılık sonucu 'klinik sınır değer'de saptanan suş ve 'orta duyarlı' klinik izolat olmaması nedeni ile 'minör hata' değerlendirilmesi yapılamadı. Akım sitometri yöntemi ile elde edilen sonuçlar referans yöntem ile uyumlu bulundu. Sonuç olarak, akım sitometri yönteminde hücre geçirgen ve hücre geçirgen olmayan floresan boyaların bir arada kullanılmasıyla Bacteroides türlerinin antimikrobiyal duyarlılığı 1 saat gibi kısa bir sürede tespit edilebilmiştir. Bu çalışma ile, Bacteroides türlerinin antimikrobiyal duyarlılığın tespitinde, akım sitometri yönteminin oldukça hızlı ve güvenilir sonuçlar verdiği görülmüştür.