Sepsis sendromik panelleri ile kan kültüründe hızlı tanımlamanın değerlendirilmesi

GÜLEN HÜRKAL YİĞİTLER

Sepsis sendromik panelleri ile kan kültüründe hızlı tanımlamanın değerlendirilmesi

Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, İSTANBUL ŞİŞLİ HAMİDİYE ETFAL SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, TEMEL TIP BİLİMLERİ BÖLÜMÜ, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2022

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: GÜLEN HÜRKAL YİĞİTLER

Danışman: Banu BAYRAKTAR

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Amaç: Kan dolaşımı enfeksiyonları (KDE), önemli bir mortalite ve morbidite nedenidir. kan kültürü sonuçlarının zamanında sonuçlandırılması, kritik öneme sahiptir. Sepsis tanısındaki gelişmeler ile KDE'lerin erken saptanması, hastaların antimikrobiyal tedavi yönetimini iyileştirmiştir. Bu çalışma, yeni bir sendromik sepsis PZR panel testini (Bio-Speedy® Sepsis qPCR MX-30S panel assay) tanımlama, direnç saptama ve geri dönüş süresinin (TAT) doğruluğu ve duyarlılığı açısından değerlendirmeyi amaçlamaktadır. Gereç ve Yöntemler: Çalışmamıza, Mart 2022-Temmuz 2022 tarihleri arasında kliniklerden gönderilmiş ve 00.00-17.00 saatleri arasında, BACT-ALERT (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France) otomatize mikrobiyal tespit sistemleri ile pozitif üreme sinyali alınmış 256 kan kültürü şişesi incelendi. Laboratuvarımızdaki rutin kültür yönteminde üreyen koloniler, matriks aracılı lazer dezorbsiyon iyonizasyon uçuş zamanı (MALDI-TOF) teknolojisine sahip VITEK® MS (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France) ile tanımlandı. Klinik olarak etken düşünülen izolatların, VITEK® 2 (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France) sistemi ile antibiyogramları yapıldı ve Karba-NP testi ile karbapenemaz varlığı test edildi. Kültür yöntemi ile eş zamanlı olarak pozitif sinyali takiben, kan kültürü besiyerinden alınan örneğe, ilk olarak Zybio Nükleik Asit Ekstraksiyon Kiti (Zybio Inc., Çin) ve Zybio EXM 3000 Nükleik Asit Ekstraksiyon Sistemi (Zybio Inc., Çin) kullanarak nükleik asit ekstraksiyon işlemi yapıldı. Ekstraksiyonu tamamlanmış örneklere, Bio-Speedy Sepsis qPCR MX-30S paneli (Bioeksen Ar-Ge Teknolojileri) ile Bio-Rad CFX96 TouchTM RT-PCR cihazında polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) çalışıldı. Her iki yöntemle elde edilen sonuçlar, tanımlama sonuçlarının ve tespit edilen direnç paternlerinin uyumu, sonuç verme süreleri açısından karşılaştırıldı. Bulgular: İncelenen 256 kan kültürü örneğinin 27'si (%10,54), panel dışı mikroorganizma üremesi nedeni ile analiz dışı bırakıldı. Çalışmaya dahil edilen 229 kan kültürü örneğinin 196'sında monomikrobiyal, 33'ünde polimikrobiyal üreme görüldü. Monomikrobiyal üreme olan örneklerdeki gram pozitif izolatların %94,79'u, gram negatif izolatların %96,10'u, mayaların %100'ü PZR ile doğru olarak tanımlandı. Polimikrobiyal üremelerde ise 33 örneğin 29'unda (%87,87) sonuçlar tüm üreyen mikroorganizmalar için kültürle uyumlu bulundu. Ortalama sonuç verme süresi, PZR ile rutin tanımlamaya göre istatistiksel olarak anlamlı derecede düşük tespit edildi (p<0.05). Karpabenem dirençli Klebsiella pneumoniae izolatının (n=12) %83,33'ünde PZR ile karbapenem direnç geni pozitif saptanmış olup, saptanmayan izolatlar karbapenemaz negatif bulundu. Standart kan kültürü işleyişinde dirençli olduğu gösterilen tüm vankomisine dirençli enterokok ve metisiline dirençli Staphylococcus aureus'larda panel vanA ve mecA/C direnç genleri saptandı. Buna göre, PZR ile rutin yönteme kıyasla karbapenem direnci 15,86 saat, vankomisin direnci 22,83 saat ve metisilin direnci 44,58 saat önce saptanabildi. Sonuç: Çalışmamızda standart kültür yönteminden daha hızlı sonuç veren Sepsis PZR paneli ile %91,70 oranında kültürle uyumlu tanımlama sonuçları elde edildi. Bununla birlikte direnç genlerini de saptayarak kültürden çok daha kısa sürede sonuç elde edildi.