Omicron varyantına özgü yardımcı T hücrelerin COVİD-19 konvalesan bireylerde incelenmesi ve orijinal antijenik sin kavramının CD4+ t hücre epitopları üzerindeki etkisinin araştırılması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, HAMİDİYE SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, İMMÜNOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MERVE SAİDE UZUNOĞLU
Danışman: Sevgi KALKANLI TAŞ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Türk popülasyonunda COVID-19 konvalesan bireylerde Omicron varyantına özgü bellek CD4⁺ T hücre yanıtlarının değerlendirmek; önceki enfeksiyon öyküsünün bu yanıtlar üzerindeki etkisini Orijinal Antijenik Sin kavramı çerçevesinde incelemektir. Hesaplamalı biyoloji yöntemleriyle, SARS-CoV-2 varyantları arasındaki epitop düzeyinde çapraz reaktiviteyi, korunmuşluk durumunu ve immünodominant bölgeleri belirleyerek aşı stratejilerine katkı sağlayacak immünolojik veriler sunmak hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: COVID-19 konvalesan bireylerin PKMH'leri, Wild type ve Omicron varyantlarına özgü Spike peptid havuzları ile in vitro uyarılmıştır. CD4⁺ T hücre aktivasyonu ve bellek alt popülasyonları, çok renkli akan hücre ölçer ile analiz edilerek immün fenotiplemeleri gerçekleştirilmiştir. Python tabanlı pipeline ve NetMHCIIpan EL 4.1 algoritması kullanılarak varyantlara özgü mutasyonların CD4⁺ T hücre epitopları üzerindeki etkisi, bağlanma afinitesi ve epitop kayıpları incelenmiştir. Potansiyel CD4⁺ T hücre epitopları tanımlanmış; farklı varyantlar arasında çapraz reaktif olma potansiyeli taşıyan epitoplar ile immünodominant, immünojenik, korunmuş ve HLA-kısıtlı epitoplar belirlenmiştir. Bulgular: Konvalesan bireylerde, Omicron varyantlarına karşı güçlü CD4⁺ T hücre aktivasyonu ve varyantlar arası yüksek çapraz reaktivite saptanmıştır. Wt(–) grubunda Omicron'a özgü TEM2 ve TEM3 yanıtlarının, Wild type'a kıyasla anlamlı düzeyde yüksek olduğu belirlenmiştir. Güçlü bağlayıcı epitopların yaklaşık %85'inin varyant mutasyonlarından etkilenmeyerek korunduğu; ancak JN.1 sonrası varyantlarda NTD bölgesinde yoğunlaşan epitop kayıpları olduğunu gösterilmiştir. Tüm varyantlarda korunan, yüksek afiniteli 89 epitop-HLA çifti tanımlanmış, immunodominant HLA sınıf II alleleri belirlenmiştir. Sonuç: Önceki enfeksiyon ve aşılamanın, Omicron varyantına karşı çapraz reaktif ve kalıcı bir CD4⁺ T hücre hafızası oluşturduğu gösterilmiştir. SARS-CoV-2 varyantlarındaki mutasyonlara rağmen hücresel bağışıklığın korunduğu ve özellikle DR ve DP allelleri tarafından sunulan immünodominant epitopların evrensel aşı tasarımları için kritik adaylar olduğu ortaya konulmuştur.