Oligotrofik bakteriler yardımıyla düşük maliyetli rekombinant termostabil enzim üretimi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, HAMİDİYE SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MUSTAFA TANKUŞ
Danışman: Ahmet KATI
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Endüstride üretilen enzimlerin girdi maliyetinin büyük kısmı besiyeri kaynaklıdır. Düşük konsantrasyonlarda gelişme ve üreme yeteneği olan oligotrofik bakteriler, besiyeri maliyetini düşürmek için mükemmel bir potansiyel taşımaktadır. Endüstride Taq DNA polimeraz üretimi için standartlaştırılmış suşlara alternatif olarak oligotrofik bakterilerin kullanılması besiyeri maliyetlerinin azaltılmasını sağlayacaktır. Çalışma kapsamında düşük besiyeri konsantrasyonunda büyüme yeteneğine sahip oligotrofik bakteriler aracılığıyla yapılan fermantasyon sayesinde besiyeri maliyetini azaltarak termostabil Taq DNA polimeraz üretimi yapılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çevresel izolatlardan oligotrofik bakteri seçimi yapıldı. Seçilen organizma 16S rRNA dizilemesi ile Klebsiella oxytoca olarak tanımlandı. Kompetent hale getirildikten sonra sonra satın alınan Taq DNA polimeraz kodlayan plazmitlerin oligotrofik K.oxytoca'ya transformasyonu gerçekleştirildi. İlgili enzimlerin laboratuvar koşullarında ve büyük hacimde oligotrofik bakterideki ekspresyon, saflaştırma ve aktivite deneyleri gerçekleştirilerek oligotrofik bakterinin rekombinant DNA teknolojisindeki kullanılma potansiyeli incelendi. Bulgular: Taq DNA polimeraz enzimi, laboratuvar ölçeğinde standart besiyerinde, endüstriyel ölçekte standart besiyeri ve 1:10 oranında seyreltilmiş LB'de ekspresyon analizi ve iki farklı tampon çözeltisinde aktivite deneyleri gerçekleştirildi. Bu çalışmalar neticesinde K.oxytoca Taq DNA'nın eksprese edildiği, ölçek büyütme çalışmaları neticesinde biyoreaktör üretimine uygun olduğu tespit edilmiştir. Çalışmada kullanılan plazmitteki Taq DNA polimeraz enzimi kontrol suşu olan E.coli'de ve K.oxytoca'da başarılı şekilde eksprese edilmiştir. Özellikle oligotrofik K.oxytoca'nın ekspresyen kabiliyeti önemli bir bulgu olarak ortaya çıkmıştır. Ancak Taq DNA polimeraz'ın PCR aktivitesi farklı tampon çözeltileri denenmesine rağmen K.oxytoca'da pozitif sonuç vermemiştir. Sonuç: Oligotrofik bakteride eksprese edilen Taq DNA polimerazın ileride yapılacak çalışmalar sonucunda aktivite gösteren ve ticari açıdan verimli Taq DNA polimeraz üretimi sağlanabilecektir.