Meme kanseri alt tiplerinin ortak reseptörünün özgünlüğünün CRISPR/Cas9 sistemi ile belirlenmesi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, HAMİDİYE SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: GİZEM SELİMOĞLU
Danışman: Zeynep Büşra BOLAT
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Bu çalışmanın amacı meme kanseri alt tiplerinde hedef peptit olan P18-4'e bağlanma gösteren ortak bir reseptörün varlığının CRISPR/Cas9 sistemi ile belirlenmesidir. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada meme kanseri alt tiplerine mensup olan dört, sağlıklı meme tipine sahip bir hücre hattı; T-47D, MDA-MB-231, AU-565, BT-474 ve MCF-10A ilk olarak akış sitometrisi yardımı ile peptit doygunluğunun belirlenmesinde kullanılmış ardından belirlenen Kd değeri ile rekabet bağlanma deneyi yapılmıştır. Bunun için projenin önceki iş paketlerinde ortak olarak bulunan reseptör hedeflenmiştir. Bu reseptörün doğruluğu qPZR ve western emdiriminin yanı sıra, in silico analizlerle doğrulanmıştır. Belirlenen bu reseptör daha sonra CRISPR/Cas9 sistemi ile susturulmuş ve hücrelerin susturma kalitesi western emdirimi ve ICC ile kontrol edilmiş, devamında P18-4'ün susturulmuş hücrelerde bağlanma aktivitesi gözlemlenmiştir. Bulgular: In silico analizler ve tüm hücre hatlarıyla yapılan qPZR ve western emdirimi deneyleri sonucunda PEBP1 reseptörünün hedef olarak değerlendirilebileceği gösterilmiştir. Ardından T-47D, MDA-MB-231, AU-565, BT-474 ve MCF-10A hücre hatları için P18-4'ün Kd değeri sırasıyla 2,5, 20, 3,8, 17 ve 74,22M olarak bulunmuştur. PEBP1 ile yapılan rekabet deneyinde AU-565 ve T-47D hücrelerinde anlamlı sonuçlar alınmıştır. CRISPR/Cas9 susturmasının ardından floresans görüntülerinde GFP ışımaları gözlemlenmiş olup, özellike AU-565 ve T-47D hücrelerinde western emdirimi ve ICC yardımı ile susturma kalitesi kanıtlanmıştır. Son olarak susturulan hücrelerde P18-4'ün bağlanma etkinliğinde T-47D ve AU-565 hücre hatlarında anlamlı bir azalma gözlemlenmiştir. Sonuç: Sonuç olarak PEBP1'ın özellikle AU-565 ve T-47D hücre hatlarında P18-4 ile bağlanan ortak bir reseptör olduğu belirlenmiştir.