Çeşitli klinik örneklerden elde edilen streptococcus pyogenes izolatlarında quadripleks gerçek zamanlı PCR yöntemi ile belirlenen emm serotip dağılımının hastaların klinik durumuyla ilişkilendirilmesi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, ANKARA ŞEHİR SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, TEMEL TIP BİLİMLERİ BÖLÜMÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: BÜŞRA SAYGIN
Danışman: Bedia DİNÇ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Dünya çapında yaygın olarak görülen S. pyogenes enfeksiyonları, insanları etkileyen bakteriyel patojenler arasında önemini korumaktadır. Bu çalışmada; boğaz ve boğaz dışı klinik örneklerden elde edilen S. pyogenes izolatlarında emm tip dağılımının belirlenmesi ile yerel epidemiyolojik verilere güncel katkı sağlanması, emm tipleri ile klinik tablolar arasındaki ilişkinin incelenmesi ve mevsimsel aşı kapsayıcılığının araştırılması amaçlanmıştır. Ayrıca, olası bir S. pyogenes kaynaklı salgın durumunda hem hızlı sonuç alma hem de maliyet etkin bir yaklaşım sağlaması nedeniyle quadripleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction, PCR) yöntemi ile emm tiplendirmesinin kapsayıcılığı araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Şubat 2024-Mayıs 2024 tarihleri arasında gerçekleştirilen çalışmada; 68 boğaz ve 38 boğaz dışı klinik örnekten elde edilen toplam 106 S. pyogenes izolatında, Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi (Centers for Disease Control and Prevention, CDC) protokolüne göre tasarlanan kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (quantitative polymerase chain reaction, qPCR) kiti ile emm tiplendirme yapıldı ve yaygın görülen 20 emm tipinin varlığı araştırıldı. Moleküler tiplendirmeyi temsilen qPCR ile saptanan her emm tipinden birer izolatta ve PCR yöntemi ile emm tipi belirlenemeyen 31 izolatta dizi analizi yapıldı. Çalışmaya dahil edilen izolatların penisilin, eritromisin, klindamisin, tetrasiklin, levofloksasin ve trimetoprim-sülfametoksazol (SXT) antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Bulgular: Hastaların %81,1'i pediatrik yaş grubundayken, İnvaziv grup A streptokok (iGAS) enfeksiyonlarının %64,8'i erişkin hastalarda saptandı. Tüm izolatlar penisiline duyarlı iken, tetrasikline %12,3; eritromisine %2,8 ve klindamisine %1,9 oranında direnç tespit edildi. qPCR yöntemi ile S. pyogenes izolatlarının %70,8'inde emm tipi belirlendi. Tiplendirmeyi temsilen yapılan dizi analizi sonuçları qPCR sonuçları ile uyumlu bulundu. Dizi analizi verileri de dahil edildiğinde; S. pyogenes izolatlarının %16'sında emm tipi belirlenemedi. Tespit edilen 12 farklı emm tipinin tamamı 30 valanlı aşıda mevcut olup emm tipi belirlenen 89 S. pyogenes izolatı için bu aşının kapsayıcılığı %100 olarak saptandı. S. pyogenes izolatlarındaki baskın emm tipi emm3 iken; emm2, emm6 ve emm89 da diğer sık tespit edilen emm türlerini oluşturdu. Sonuç: Hızlı, maliyet etkin ve pek çok laboratuvar alt yapısına uygun bir yöntem olan qPCR ile emm tiplendirmesinin güvenilir bir şekilde gerçekleştirileceği ve bu yöntemin olası S. pyogenes salgınlarının yönetimine katkı sağlayacağı belirlenmiştir. Primer ve prob tasarımlarının ülkemizde dolaşımda olan S. pyogenes izolatlarına yönelik yapılmasıyla qPCR yönteminin tiplendirme duyarlılığının artacağı öngörülmüştür. Yerel epidemiyolojik verilerimizin sürekliliğinin sağlanması için laboratuvar temelli aktif bir sürveyans sisteminin geliştirilmesi gerektiği sonucuna ulaşılmıştır.