Bilgisayar tabanlı ilaç tasarımı yoluyla yaşam süreciyle ilişkili sirtuin proteinlerindeki doğal biyoaktif bileşiklerin potansiyelinin araştırılması

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, HAMİDİYE SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, TIBBİ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2025

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: MAZHAR TUĞTEKİN KAYA

Danışman: Nail BEŞLİ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Amaç: Bu doktora tez çalışmasının amacı, doğal biyoaktif bileşiklerin SIRT 1, SIRT 3, SIRT 6 ve SIRT 7 proteinleri üzerindeki bağlanma modlarının araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Bu amaç doğrultusunda öncelikle SIRT 1, 3, 6 ve 7 ile ilişkili doğal bileşiklerin tanımlanması için yüksek verimli sanal tarama (HTVS) gerçekleştirilmiştir. Tarama sonrası, hedef biyoaktif bileşiklerin belirlenmesi için ADMET analizi yapılmıştır. Son olarak, biyoaktif bileşikler ile hedef proteinler arasındaki yapısal stabilizasyonun incelenmesi için GROMACS paket programının kullanılması ile moleküler dinamik simülasyon (MDS) gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Sirtuin 1, 3, 6 ve 7 için yeni güçlü aktivatörler ligandları belirlemek amacıyla Gıda veritabanından (Food Database) 70,478 bileşik tarandı. Protein-ligand yerleştirme, ilk 15 küçük molekülden en yüksek yerleştirme puanına sahip beş aday molekül seçilerek gerçekleştirildi. Bu beş aday molekül; Fagopirin, emblikanin B, epikateşin-(4beta->8)-epikateşin-(2beta->7,4beta->8)-kateşin, withanolid ve dulcisisoflavon olarak belirlendi ve -12.7 ile -7.2 kcal/mol arasında değişen üstün bağlanma skorları gösterdiği tespit edildi. MDS, hedef proteinler ile biyobileşikler arasında 100 ns boyunca istikrarlı etkileşimlerin sürdüğünü ve önemli konformasyonel değişikliklerin yaşanmadığını ortaya koymuştur. Sonuç: Bu çalışma, sirtuinleri modüle eden bileşiklerin keşfi ve geliştirilmesi için hesaplamalı olarak verimli yeni bir yaklaşım sunarak anti-aging araştırmalarına önemli bir katkı sağlamaktadır. Ayrıca, yaşlanma ile ilişkili biyolojik yolların düzenlenmesinde doğal biyoaktif maddelerin henüz keşfedilmemiş potansiyeline dikkat çekerek, sağlığı ve uzun ömrü teşvik etmek amacıyla diyet temelli terapötik stratejilerin geliştirilmesi için yeni fırsatlar sunmaktadır.