COVİD-19 konvalesan bireylerde Omicron varyantına özgü Sitotoksik T hücre yanıtlarının ölçülmesi ve SARS-CoV-2 CD8+ T hücre epitoplarında orijinal antijenik sin rolünün araştırılması

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, HAMİDİYE SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, İMMÜNOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2025

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: AYLİN SEHER UZUNOĞLU

Danışman: Sevgi KALKANLI TAŞ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Amaç: Bu çalışmada, COVID-19 konvalesan bireylerde SARS-CoV-2 Wild-type ve Omicron varyantlarına özgü bellek CD8+ T hücre yanıtlarının frekansını ve özgüllüğünü belirlemek; önceki enfeksiyon öyküsünün bu yanıtlar üzerindeki etkisini ve Orijinal Antijenik Sin fenomeninin hücresel bağışıklık üzerindeki rolünü deneysel ve hesaplamalı biyoloji yöntemleriyle araştırmak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya dahil edilen katılımcılardan izole edilen PKMH'ler, SARS-CoV-2 Wild-type ve Omicron Spike peptit havuzları ile in vitro stimüle edilmiştir. CD8+ T hücrelerinin aktivasyon profillerinin ve bellek alt popülasyonlarının immünofenotiplemeleri çok renkli akan hücre ölçer yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Hesaplamalı biyoloji analizleriyle, OAS fenomeninin etkilerini araştırmak amacıyla Python tabanlı bir pipeline ve NetMHCpan-EL-4.1 algoritması kullanılarak varyant-spesifik mutasyonların epitoplar üzerindeki etkisi, bağlanma afinitesi ve epitop kayıpları incelenmiştir. Bu analizler ile, potansiyel CD8+ T hücre epitopları tanımlanmış; farklı varyantlar arasında çapraz reaktif olma potansiyeli taşıyan epitoplar ile immünodominant, immünojenik, korunmuş, HLA-kısıtlı epitoplar belirlenmiştir. Bulgular: Her iki çalışma grubunda da varyantlara karşı güçlü CD8+ T hücre yanıtları tespit edilmiştir. Merkezi bellek CD8+ T hücrelerinin, Omicron varyantına karşı Wild-type suşuna kıyasla istatistiksel olarak daha yüksek aktivasyon gösterdiği saptanmıştır. Wt(-) grupta Wild-type antijenine karşı çapraz reaktif yanıtların varlığı, hücresel bağışıklığın varyantlar arasında korunduğunu göstermiştir. Biyoinformatik analizlerde, varyantlar arasında epitopların %98'den fazlasının korunduğu, ancak immünolojik açıdan kritik olan Reseptör Bağlanma Bölgesi'nde yoğun epitop kayıplarının yaşandığı belirlenmiştir. Sonuç: Bu çalışma, Omicron varyantlarının CD8+ T hücre epitoplarında kısmi kayıplara neden olsa da, hücresel bağışıklığın büyük ölçüde korunduğunu ve bellek T hücrelerinin varyantları tanıma kapasitesinin sürdüğünü ortaya koymaktadır. Enfeksiyon geçmişinin bağışıklık yanıtını şekillendirdiği ve yeni varyantlara karşı gelişen yanıtların çapraz reaktivite ile desteklendiği sonucuna varılmıştır.