Sıtma tanılı hastaların arşivlenmiş örnekleri kullanılarak PCR yöntemi ile plasmodium falciparum genetik tür tayinin yapılması ve direnç genlerinin araştırılması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, İSTANBUL BAKIRKÖY DR. SADİ KONUK SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, ENFEKSİYON HASTALIKLARI VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: KÜBRA DİLAN AVCI
Danışman: Kadriye KART YAŞAR
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Çalışmamızda mikroskobik incelemeyle sıtma tanısı almış hastaların arşivlenmiş örneklerinde antimalaryal ilaç direnç genlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza arşivlenmiş P. falciparum tanılı ve Batı, Orta ve Doğu Afrika kaynaklı olarak sınıflandırılmış, ince-kalın yayma ve EDTA'lı kan örnekleri dâhil edilmiştir. DNA izolasyonu sonrası real-time PCR ile P. falciparum tür tayini; nested-PCR/klasik PCR yöntemleriyle direnç marker bölgelerinin (Pfcrt, Pfmdr1, PfK13) amplifikasyonu amaçlanmıştır. Amplifiye örneklerin tek nükleotid polimorfizminin (SNP) araştırılması amacıyla sekans analizi Macrogen Laboratuvarında (Macrogen, Kore); referans P. falciparum clone 3D7 izolatıyla kıyaslamalı SNP analizi ise SBÜ Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında Geneious R9 programıyla sağlanmıştır. Bulgular: Çalışmadaki 100 P. falciparum örneğinin 45'i yayma, 55'i EDTA'lı kan örneğiydi. Yayma örneklerinin %82,2'si, EDTA'lı örneklerin tamamı real-time PCR'la P. falciparum olarak tanımlandı. Sekans verileri incelendiğinde, en yüksek mutasyon oranı Pfmdr1 bölgesinde gözlenmiştir (%74,5). Pfmdr1 bölgesinde Y184F mutasyonu 91 örneğin 68'inde (%74,7); N86Y ve N1042D mutasyonu sırasıyla 3 ve 16 örnekte (%3,3 ve %17,4) saptanmıştır. Pfcrt mutasyonu 11(%12,2), PfK13 mutasyonu sadece iki örnekte saptanmıştır. Tüm Afrika bölgelerinde Y184F oranı, Pfcrt ve N1042D'den istatistiksel olarak anlamlı düzeyde yüksekti (p<0,01). Pfmdr1 için değişen prevalans oranlarında olmak üzere beş farklı haplotip; NYN (Yabanıl), NFN (%56,2), NYD (%2,2), NFD (%15,7) ve YFN (%3,4) saptanmıştır. Pfcrt ve Pfmdr1 geni kombine olarak incelendiğinde yedi haplotip (MNKNFN, MNKNFD, MNKYFN, IETNYD, IETNFN, IETNYN, IETYFN) oluşturduğu gözlenmiş ve MNKNFN ve MNKNFD en sık 2 haplotip olmuştur (%51,7 ve %15,7). Hem Pfcrt ve Pfmdr1 mutasyon haplotiplerinin birlikteliği %7,9 oranındaydı. Sonuç: Türkiye'de, antimalaryal dirençle ilgili moleküler belirteçlerin sürveyansı hakkındaki ilk çalışma olan bu çalışmada, en yüksek mutasyon olarak Pfmdr1 ve Pfmdr1 kodonları içinde de Y184F mutasyonu başta olmak üzere N86Y ve N1042D SNP'leri; 2.sıklıkta ise Pfcrt mutasyonu ile sadece 2 örnekte PfK13 geninde E602D mutasyonu saptanmıştır. Antimalaryal ilaç direnci ve genetik SNP sürveyansının düzenli olarak yapılması, küresel sıtma eliminasyon stratejilerinin belirlenmesine önemli katkı sağlayacaktır.