Bakteriyel gastorenterit etkenlerinin tespitinde BD mx enterik bakteriyel panel ile rutin kültür yönteminin karşılaştırılması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, İSTANBUL ŞİŞLİ HAMİDİYE ETFAL SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, TEMEL TIP BİLİMLERİ BÖLÜMÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2017
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: VİLDAN YAVUZ ÖZER
Danışman: Elif AKTAŞ SEPETCİ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bakteriyel gastroenterit etkenleri, yüksek morbidite ve mortalite oranları ile seyreden, dünya çapında önemli sağlık sorunlarına neden olmaktadırlar. Bu etkenlerin zamanında tespit edilememesi ampirik antibiyotik tedavilerinde artışa yol açmakta, uygunsuz antibiyotik kullanımıyla dirençli etkenler oluşmakta ve dünya çapında ciddi ekonomik kayıplar ortaya çıkmaktadır. Bu çalışmada amaç; bakteriyel gastroenterit etkenlerinin tespitinde, hızlı tanı amacıyla kullanıma sunulan, moleküler yöntem prensibi ile çalışan BD MAX enterik bakteriyel panel (BD MAX EBP) ile standart yöntem olan kültürün etkinliğini karşılaştırmaktır. Bu amaca yönelik olarak; Ağustos 2016-Şubat 2017 tarihleri arasında T.C. Sağlık Bilimleri Üniversitesi Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gastroenterit ön tanısıyla kültür için gönderilen 292 dışkı örneği değerlendirilmiştir. Bu örneklerin 220'si, korumasız dışkı kaplarına konularak, 72'si ise Cary-Blair taşıma besiyerinin ve korumasız dışkı kaplarının her ikisine de konularak laboratuvara ulaştırılmıştır. Örnekler, BD MAX EBP ile üretici talimatları doğrultusunda çalışılmış ve eş zamanlı olarak örneklerin Campylobacter, Salmonella ve Shigella için kültürü yapılmıştır. Bakteri tanımlanmasında; biyokimyasal testler, serotiplendirme, antimikrobiyal duyarlılık testleri ve matriks aracılı lazer dezorbsiyon/iyonizasyon uçuş zamanlı kütle spektrometrisi (MALDI-TOF MS) kullanılmıştır. Ayrıca dışkı havuzlama çalışması yapılmıştır. Bu amaçla enterik patojenler açısından negatif olduğu bilinen dışkı örnekleri kullanılmıştır. Bu dışkı örnekleri ile bilinen Campylobacter, Salmonella ve Shigella suşları karıştırılarak 1x1000000 CFU/mL (koloni oluşturan birim/mililitre)'den 1x10 CFU/mL'ye kadar azalan konsantrasyonlarda bakteri içeren dışkı havuzları oluşturulmuştur. Bu örneklerin her biri hem kültürde hem BD MAX EBP ile çalışılmıştır. Böylece bu yöntemlerin saptayabildiği en düşük bakteri konsantrasyonları tespit edilmiştir. Dışkı havuzlama çalışmasında, Campylobacter için, kültürde 100000 CFU/mL, BD MAX EBP'de ise 1000 CFU/mL konsantrasyona kadar pozitiflik saptanmıştır. Salmonella için, kültür ve BD MAX EBP'nin her ikisinde de 10000 CFU/mL konsantrasyona kadar pozitiflik saptanmıştır. Shigella için ise, kültürde 105 CFU/mL, BD MAX EBP'de ise 1000 CFU/mL konsantrasyona kadar pozitiflik saptanmıştır. Korumasız dışkı kaplarında laboratuvara ulaştırılan örneklerde; Campylobacter için kültür pozitifliği ile BD MAX EBP sonucu arasında anlamlı bir fark olduğu tespit edilmiştir (p 0,05). Hem kültür sonucunda hem de BD MAX EBP sonucunda iki (% 2,8) Salmonella tespit edilmiştir. Hem kültür hem de BD MAX EBP sonucunda Shigella pozitifliği görülmemiştir. Örnek gelme şekline göre, taşıma besiyerinde gelen örneklerde kültür sayısı (yedi) ve pozitiflik oranı (% 9,7), korumasız dışkı kabında gelen örneklerin sayısından (iki) ve pozitiflik oranından (% 0,9) anlamlı düzeyde yüksektir (p<0,05). Sonuç olarak; çalışmamızda elde edilen tüm veriler birlikte değerlendirildiğinde, moleküler temelli hızlı tespit sistemi olan BD MAX EBP sisteminin, çalışma kapsamındaki gastroenterit etkeni bakterileri tespit etme oranı, geleneksel kültür yöntemlerine göre daha yüksek bulunmuştur. Moleküler yöntemler etkenin nükleik asidinin gösterilmesi prensibine dayanan, duyarlılıkları ve özgüllükleri yüksek yöntemlerdir. Bu yöntemlerin en önemli avantajı, dışkıda bulunan etken mikroorganizmanın canlı ya da ölü olmasından etkilenmemeleridir. Buna rağmen kültür temelli yöntemler, örneğin laboratuvara gönderme süreçlerinden örnek taşıma yöntemine kadar, etken mikroorganizmanın canlılığını etkileyecek birçok değişkenden etkilenebilmektedir. Çalışmamızdan elde ettiğimiz bulgular, dışkı örnek taşıma ortamlarının geleneksel kültür yöntemlerinin sonuçlarını önemli oranda etkilediğini göstermektedir. Buna rağmen moleküler temelli yöntem taşıma ortam değişikliğinden etkilenmemiştir. Ek olarak azalan konsantrasyonlarda bakteri yoğunluğuna sahip dışkı örneklerinde, BD MAX EBP'nin tespit oranlarının kültüre göre yüksek olduğu belirlenmiştir. Bu sonuçların, BD MAX EBP'nin rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında kullanımının uygunluğu adına daha fazla çalışmanın yapılması yönünde teşvik edici olduğu ve konu hakkında çalışma yapmak isteyeceklere katkılar sağlayacağı öngörülmektedir.