Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten ve/veya karbapenem dirençli enterobacterales izolatlarında fosfomisin duyarlılığının agar dilüsyon ve otomatize sistemler ile saptanması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, İSTANBUL ŞİŞLİ HAMİDİYE ETFAL SAĞLIK UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ, TEMEL TIP BİLİMLERİ BÖLÜMÜ, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: EYYÜB KARACAN
Danışman: Elif AKTAŞ SEPETCİ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Enterobacterales izolatlarında genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üretimi ve/veya karbapenem direnci tüm dünyada önemli bir sorundur. Çoklu ilaca dirençli patojenler için alternatif tedavilerden biri son dönemde yeniden gündeme gelen fosfomisindir. Bu çalışmanın amacı, çeşitli klinik örneklerden elde edilen GSBL üreten ve/veya karbapenem dirençli Enterobacterales izolatlarında fosfomisin duyarlılığını altın standart yöntem olan agar dilüsyonla ortaya koymak ve otomatize sistemlerle elde edilen fosfomisin duyarlılık sonuçlarını agar dilüsyon ile karşılaştırmaktır. Ayrıca fosfomisin dirençli izolatlarda çeşitli fosfomisin modifiye edici enzimler ile çeşitli GSBL ve karbapenemaz enzimlerini kodlayan genlerin tespiti hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 01 Ağustos 2020 – 01 Mart 2021 tarihleri arasında Sağlık Bilimleri Üniversitesi Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen GSBL üreten ve/veya karbapenem dirençli toplam 323 Enterobacterales izolatı dahil edilmiştir. İzolatların tür tanımı matriks aracılı lazer dezorbsiyon iyonizasyon-uçuş zamanlı kütle spektrometre (MALDI-TOF MS) ile, antibiyotik duyarlılık testleri ise otomatize sistemler Phoenix (Becton Dickinson, USA) ve Vitek-2 (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France) ile yapılmıştır. İzolatların fosfomisin duyarlılığı için altın standart yöntem agar dilüsyon testi uygulanmış ve otomatize sistem fosfomisin duyarlılık sonuçları ile agar dilüsyon duyarlılık sonuçları ile karşılaştırılmıştır. Fosfomisin dirençli izolatlara, çeşitli fosfomisin modifiye edici enzimler (fosA, fosA3, fosC2) yanında çeşitli GSBL enzimleri (TEM, SHV, CTX-M) ve karbapenemaz enzimlerini (OXA-48, VIM, NDM, KPC, IMP) kodlayan genlerin tespiti için Polimeraz Zincir Reaksiyonu uygulanmıştır. Bulgular: Çalışmaya 188 E. coli, 121 K. pneumoniae ve 14 diğer Enterobacterales izolatı dahil edilmiştir. Altın standart olan agar dilüsyon yöntemiyle E. coli izolatlarının 185 (%98,4)'i, K. pneumoniae izolatlarının 104 (%86)'ü ve tüm Enterobacterales izolatlarının 302 (%93,5)'si fosfomisine duyarlı olarak saptanmıştır. Otomatize sistemlerde yapılan fosfomisin duyarlılık testinde E. coli ve K. pneumoniae izolatları için çok büyük hata saptanmamıştır. E. coli izolatları için Phoenix otomatize sistemiyle %1,3 oranında büyük hata (BH) saptanırken, Vitek-2 otomatize sistemiyle BH saptanmamış; K. pneumoniae izolatları için ise Phoenix otomatize sistemiyle %5,4, Vitek-2 otomatize sistemiyle %12 oranında BH saptanmıştır. Fosfomisin dirençli 21 izolatın ikisinde fosA geni, beşinde karbapenemaz geni (üç blaOXA-48, iki blaKPC), 18'inde GSBL geni (5 blaCTX-M, 3 blaTEM ve 10 blaCTX-M+blaTEM) tespit edilmiştir. Sonuç: Dirençli Enterobacterales izolatlarında fosfomisin duyarlılığı, altın standart yöntem olan agar dilüsyon yöntemiyle yüksek olarak (%93,5) saptanmıştır. E. coli izolatları için otomatize sistem sonuçları ile altın standart yöntem sonuçları arasında yüksek uyum gözlemlenmiştir. K pneumoniae izolatları için büyük hata oranının her iki sistemde de >%3'ün üzerinde olması, sonuçların altın standart yöntem ile doğrulanması gerektiğini düşündürmüştür. Çalışmada, fosA geni tespit edilen izolatların blaCTX-M ve blaCTX-M+blaTEM genleri ile birlikteliği gözlenmiştir.