Endometriyozisin biyoinformatik yöntemlerle genetik mekanizmasının araştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Sağlık Bilimleri Üniversitesi, HAMİDİYE SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, BİYOMÜHENDİSLİK ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ŞEYMA TÜRKAN KOYUN
Danışman: Tuba SEVİMOĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Bu çalışmada endometriyozisin moleküler mekanizmasını aydınlatarak, tanı ve tedavi sürecini kolaylaştırabilecek biyobelirteçleri belirlemek ve bu biyobelirteçleri hedef alacak potansiyel tedavi edici molekülleri tespit etmek amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Endometriyozis hastalarına ait altı adet veri seti analiz edilmiş, ortak farklılaşan genlerle ilişkili hastalıklar ve sinyal yolakları zenginleştirme analizleriyle gösterilmiştir. Bu genlere ait protein-protein etkileşim ağlarının ve merkezi proteinlerin tayini yapılmıştır. En Az Mutlak Küçülme ve Seçim Operatörü (LASSO) regresyonuyla anahtar proteinler seçilmiş, anahtar ve merkezi proteinleri hedef alan potansiyel teröpatik ajanlar belirlenmiştir. Protein-ligand komplekslerinin sanal tarama çalışmaları yapılmış ve en iyi bağlanma afinitesini verenler ile kenetlenme çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Analizler sonucunda 135 adet anlamlı farklılaşan ortak gen tespit edilmiştir. Bu genlerin protein etkileşim ağlarının incelenmesiyle 11 adet merkezi protein tespit edilmiştir. Zenginleştirme analizinde endometriyozisle ilişkili yolaklar: hücre adezyon molekülleri, kas hücrelerindeki sitoskeleton molekülleri, lökosit transendotelyal göçü ve fokal adezyon; hastalıklar ise Tip-2 diyabet ve hiperparatiroidizm olarak bulunmuştur. LASSO regresyonuyla seçilen 10 adet anahtar proteini Merkezi proteinleri hedef alan 10 adet potansiyel terapötik ajan tespit edilmiştir. Bu sanal tarama sonucunda en iyi bağlanma afinitelerini Prostaglandin I2 Sentaz (PTGIS) ile GSK-429286A ve Lopinavir vermiştir. Sonuç: Bu çalışmada kalsiyum homeostazisi ve endometriyozis arasında güçlü korelasyon olduğu gösterilmiştir. Bulunan sinyal yolakları, hastalıklar ve genler bu homeostazda rol oynar. LASSO regresyonuyla seçilen anahtar protein PTGIS, terapötik moleküller için potansiyel hedef olarak belirlenmiştir. GSK-429286A ve Lopinavir, endometriyozis için aday terapötik ajanlar olarak belirlenmiştir.